O MAH tem como missão compartilhar conhecimento sobre os órgãos que constituem os diferentes sistemas do corpo humano com aqueles que desejam aperfeiçoar ou ter o primeiro contato com anatomia humana, de forma a integrar e contribuir com a formação acadêmica de seus monitores e difundir os saberes sobre o corpo humano com toda a sociedade. Este museu universitário tem o compromisso de preservar, pesquisar e divulgar o acervo, entendendo-o  como inestimável patrimônio universitário pertencente à Faculdade de Medicina da Universidade de Brasília.

O principal objetivo do Museu de Anatomia Humana da UnB é difusão e popularização do conhecimento científico sobre o corpo humano, por meio da interação com a comunidade acadêmica e a sociedade. Tem como objetivos específicos promover e difundir o ensino e pesquisa em anatomia por meio das ações de extensão, exposições itinerantes e eventos externos, e participar ativamente das Semana Nacional de Museus, Semana Nacional de Ciência e Tecnologia, e Semana Universitária, entendo destas como oportunidades de difusão do acervo.