De acordo com a última catalogação, finalizada e coordenada pela Profa. Dra Jussara Rocha Ferreira em 2015, existem no acervo do Museu de Anatomia 1035 objeto biológicos, distribuídos no espaço expositivo e na reserva técnica do museu.

O sistema de classificação foi dividido em 13 categorias, compostas por 38 itens do sistema cardiovascular: coração/ partes; segmentos de vasos sanguíneos; moldes em resina acrílica de vasos; blocos viscerais (tórax, abdome, pelve); vasos da cabeça, pescoço, tronco e membros; 47 itens do sistema digestório: língua, glândulas anexas do tubo digestório; baço; intestino/partes; bloco visceral de abdome; 17 itens do sistema respiratório: vias aéreas; pulmões e pleura; bloco visceral de tórax; segmentos de cabeça; 13 itens do sistema genital feminino e masculino (13 itens): órgãos reprodutores masculinos e femininos, internos e externos, estruturas osteomusculares e vásculo nervosas da pelve e do períneo; 30 itens do sistema Urinário: rins; uréteres; bexiga e uretra feminina e masculina; parede posterior do tronco e vísceras conectadas; 93 itens do sistema nervoso: cabeça, pescoço e/ou suas partes; encéfalo e/ou suas partes; medula espinal; glândulas endócrinas; anatomia seccional; 400 itens

do aparelho da Locomoção, ou Sistema Esquelético: esqueleto articulado, esqueleto desarticulado, esqueleto de feto, ossos isolados, dentes, patologias ósseas e próteses ósseas; 18 itens do sistema articular: articulações em geral, dissecações e anatomia seccional; 113 itens do sistema muscular: músculos da cabeça e pescoço, tronco, e membros superiores e inferiores e/ou suas partes; anatomia seccional; 82 itens de anatomia da criança: órgãos e segmentos corporais de fetos e crianças preparados por técnicas diversas, inclusive anatomia seccional; 139 itens de embriões e fetos; 31 itens de malformações congênitas: fetos com malformações congênitas; e 14 itens de discos placentários.

A maior parte das peças está abrigada na Reserva Técnica do Museu de Anatomia em processo de atualização, e no espaço expositivo encontram-se peças que representam importantes estruturas que compõem a cabeça, o tórax, o abdome, os membros superiores e inferiores, e peças de embriologia e fetologia, inclusive as de malformação congênita.

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